元朝灭亡后，蒙古分裂成三大部：漠北是喀尔咯部，又叫外蒙；漠南是内蒙；漠西是厄鲁特部。内、外蒙古的头领，都是成吉思汗的后裔。厄鲁特蒙古的头领，则是元太师托欢之后。元朝时，分为牧场、分驼、马牛、羊四部，称为四“卫拉特”，即明朝的“瓦剌”。正统年间（1436-1449），其汗王也先，曾发动了土木之变，俘虏过明英宗。也先死后，厄鲁特蒙古复分为四部：以乌鲁木齐为中心的和硕特部，以额尔齐斯为中心的杜尔伯特部，以雅尔（塔尔巴哈台）为中心的土尔扈特部和以伊犁为中心的准噶尔部。

       准噶尔原叫绰罗斯。明末，该部在首领巴图尔浑台吉时强大起来。因此，和硕特部便迁到青海、西藏一带；崇祯三年（1630年，天聪四年），土尔扈特部移居到伏尔加河流域去了。

       浑台吉一死，儿子们就开始争位，在西藏当喇嘛的小儿子噶尔丹，听说哥哥被杀，赶回伊犁，杀了嗣位的索诺木阿拉布坦，于康熙十年（1671）自立为汗。三藩之乱时，他挑动与联合西藏上层集团夹击和硕特部；派兵征服南疆的维吾尔族，每年强征六七万两纹银的贡赋；并多次通使俄国，寻求靠山，以便把自己的势力扩大到漠北蒙古去。三藩之乱被平定后，他在俄国侵略者的指使下，于康熙二十七年1688)居然越过杭爱山脉，突袭了土谢图汗察珲多尔济父子，掠夺了活佛哲卜尊丹巴胡图克图的财产，使外蒙同胞“死者相枕”、“逃亡死绝”，并堵塞了朝廷赴楚库柏兴谈判的使团的去路。康熙二十八年（1689），他驻兵克鲁伦河，时窥漠南。康熙二十九年（1690）7月，他越过呼伦湖，掠夺内蒙乌珠穆沁部，在乌尔会河还袭击了尚书阿尔尼率领的蒙古兵。

       为使喀尔喀同胞返回故土，实现边境地区的安定、统一，康熙皇帝屡谕噶尔丹敛兵，不行，乃于八月举行亲征：福全一路出古北口、常宁一路出喜峰口、亲率一路至博洛河。噶尔丹打败福全，从乌珠穆沁部地渡过西喇木伦河突进至乌兰布通，将兵数万列阵于山下，依林阻水，又把骆驼捆倒在地，驼背放置木箱，箱上蒙了湿毡，环列军外，构成“驼城”，命士卒躲在箱缝后发箭放统。康熙皇帝一面叫杰书进驻归化一带堵住噶尔丹的归路，一面令大军隔河列阵，与噶尔丹相向而峙。9月3日下午二时许，清军火器猛轰“驼城”。黄昏时，敌阵被截断为二，清军步、骑齐发，争先夺入，那骆驼死的死、伤的伤，不死不伤的又因绑着跑不动，反成了噶尔丹军逃跑的障碍！噶尔丹大败，翻过大碛山，逃到科布多，只剩下几千人。要不是他先叫了一个喇嘛前来假装乞降，缓了追兵，先走六天，恐怕连这几千人也剩不下。

      科布多是新疆通往外蒙的咽喉要地，土地肥沃，水草丰美，噶尔丹待在这里养精蓄锐，妄图东山再起。康熙三十年（1691），他以进贡为名，派两千人南扰；康熙三十三年（1694)，他杀害了朝廷派往伊犁的使臣，并煽动内蒙一些部落加入叛乱。康熙三十四年（1695），玄烨密令科尔沁部佯为内应，诱噶尔丹南下。10月，噶尔丹果然出扰克鲁伦河北域，声言借俄国鸟枪兵六万要大肆南攻。康熙皇帝抓住战机，举行了第二次亲征：命萨布素率黑龙江兵出其东、费扬古调陕甘兵出其西、自率中路军合力进击。

       康熙三十五年（1696）4月，中路军北上，5月，到达科图。途中，东、西两路大军尚未到达，又风闻俄军援叛，大学士伊桑阿劝康熙皇帝回密，康熙皇帝却说“捣其巢穴”“方为万年之计”，毅然奋进，终于6月初进抵克鲁伦河边。噶尔丹起初还想偷渡克鲁伦河伏击清军，后见清军阵势雄壮威严，吓得连夜西逃。康熙皇帝亲率前锋追了三天，到拖诺山而返。噶尔丹狂奔五昼夜，逃到特勒克济。而费扬古率领的西路清军，却提前到达了昭莫多。昭莫多，在土拉河上流东岸，也叫东库伦，北为肯特山、南是土纳岭、西有汗山，林木苍莽，形势险要，素为古战场，明成祖曾在此大败阿鲁台。费扬古在离此三十来里之地布下伏兵：亲率步、骑列阵于小山之东，孙思克率绿营兵列阵于中部的山顶，其余士卒则沿土拉河西岸列阵。噶尔丹西来，费扬古叫前锋统领硕岱领兵四百逆战，伴为败退。噶尔丹不知是计，引了万余骑向西杀来，其妻阿弩，身披铜甲、腰挂弓箭亦在军中。他们直扑过来，要夺正面山顶，孙思克部抵死还击。两军从下午一时酣战到七时，费扬古才一声令下，伏兵于是尽起，一部直扑嘴尔丹中军，一部沿河直捣其妇幼、驼畜、辎重，顿时使噶尔丹不能首尾相顾，其妻也中炮身亡。噶尔丹率众北逃，清军又追杀三十多里。噶尔丹身边只剩下几十个骑兵，而其牛羊二十多万头也被清军缴获。

       昭莫多战后，噶尔丹还继续作乱。因此，康熙皇帝又进行了第三次亲征。康熙三十六年（1697)，他再渡黄河，进抵宁夏，命萨布素会同赞扬古等深入进剿。噶尔丹势单力孤，派儿子到哈密征粮，儿子被回族老百姓逮住；他想逃向伊犁，却听说该地已为其侄策旺阿拉布坦所占，并伏兵于阿尔泰山间，要捉他献功；他想投奔西藏，去路已被清军所截；而早先一直想跟他结成“俄国—厄鲁特联盟”，以利用他来扩大自己侵略的俄国，现在就更怕赔本，不敢跟他勾搭了。5月3日，噶尔丹便在众叛亲离、走投无路的情况下，急病死去。

        康熙皇帝三次亲征噶尔丹，粉碎了俄国策反、侵略的阴谋，发展了祖国统一的大好形势，把外蒙三十旗和内蒙四十旗牢固地置于清朝中央的管辖之下，并结束了阿尔泰山以东、恰南图以南将近三百年的分裂割据局面。晚年，他还粉碎了策旺阿拉布坦重新发动的叛乱，派兵镇守了西藏和乌鲁木齐，进一步巩固了祖国的统一。

       康熙皇帝内平分裂、外反侵略的斗争，不仅奠定了清代中国疆域的基础，并使这一幅员辽阔、民族众多的国家基本上实现了安定、统一，而且为恢复和发展经济、文化，创造了有利条件。因此，他在这方面的功绩是应该肯定的。