2010年，马云加入加入大自然保护协会(TNC)全球董事会，成为该董事会中的第一位中国人。

       2015年4月10日，由马云、马化腾出任该机构董事会联席主席的“桃花源生态保护基金会”宣布成立，45名知名企业家都参与到这一项目中， 该基金取名‘桃花源’，就是希望通过努力，中国10年、20年之后能拥有更纯净的水和空气。

        2015年6月，马云还曾私人购买了面积约为113平方公里的布兰登公园的所有权，并计划把布兰登公园转交给专业的公益保护基金会负责运营管理并加以自然保护。据悉，马云当时做出这样的一个决定，很大程度上是希望“布兰登公园”能够作为纽约治理雾霾的一个历史标本和范例进行研究，以期对今天这个时代环境能够有所借鉴。